转基因木瓜是通过基因工程技术将外源基因导入木瓜中，从而使其具有某种特定的性状或功能的木瓜。为了鉴别转基因木瓜，可以采用以下几种方法：

1. 基因检测法：通过分子生物学技术，检测木瓜中是否存在转基因相关的外源基因。这可以通过PCR扩增等方法来进行。

2. 蛋白质检测法：转基因木瓜中导入的外源基因往往会产生特定的蛋白质表达，可以利用免疫学方法如ELISA等检测转基因木瓜中是否含有这些特定的蛋白质。

3. 形态学观察法：转基因木瓜在形态上可能会有一些与传统木瓜不同的特征。可以通过观察木瓜的大小、形状、颜色等外部特征来初步判断是否为转基因木瓜。

4. 生理生化指标检测法：转基因木瓜可能会在生理和生化指标上与传统木瓜有所不同。可以通过检测木瓜的生长速度、产量、抗病性等特征来鉴别。

需要注意的是，以上方法仅供初步鉴别使用，准确鉴别转基因木瓜还需要进一步的实验和检测。在实际应用中，通常会结合多种鉴别方法来确保结果的准确性。

总之，通过基因检测法、蛋白质检测法、形态学观察法以及生理生化指标检测法等多种方法，可以初步鉴别转基因木瓜。