中小银行应对存款保险制度的方式主要包括以下几个方面：

1. 加强风险管理：中小银行应建立完善的风险管理制度，包括风险评估、监测和控制等方面。通过建立科学有效的风险管理体系，可以降低不良资产风险，提高资产质量，确保存款安全。

2. 提升资本实力：中小银行可通过优化资本结构、增加资本金等方式，提升自身资本实力，以应对存款保险制度带来的压力。增加资本金可以增加中小银行的抵御风险能力，保障存款者的利益。

3. 加强内部控制：中小银行应加强内部控制，包括加强内部审计、风险管理和合规管理等方面。通过建立有效的内控机制，可以有效防范风险，确保存款安全。

4. 加强产品创新：中小银行可以通过产品创新，提供更加多样化和个性化的金融产品和服务，以增加存款者的黏性和忠诚度。同时，中小银行还可以通过降低存款利率、提高服务质量等方式吸引更多的存款。

5. 加强合规意识：中小银行应加强合规意识，严格遵守相关法律法规和监管规定。合规管理是中小银行应对存款保险制度的基础，只有确保合规经营，才能保障存款者的权益。

综上所述，中小银行应通过加强风险管理、提升资本实力、加强内部控制、加强产品创新和加强合规意识等方式，全面应对存款保险制度，保障存款者的权益，提高自身竞争力。