如果公司已经虚开增值税，以下是一些建议和可能的解决方案：

1. 检查并确认：首先，公司应该仔细审查内部财务记录，确保虚开增值税的事实。这可能需要对公司的账目、发票和相关财务文件进行全面的审查。

2. 内部调查：公司应该成立一个内部调查小组，负责深入调查虚开增值税的原因和涉及的人员。调查人员应该是信任的高级员工或者外部专业机构。

3. 合作并自首：如果公司发现虚开增值税的行为确实存在，应该积极与税务机关合作，并主动自首。这意味着公司应该提供所有相关的资料和信息，配合税务机关的调查。

4. 补缴税款：一旦虚开增值税的事实得到确认，公司应该立即补缴相应的税款。税务机关可能会对补缴的税款加收罚款或利息，这是公司应该准备承担的后果。

5.整改和防范：为了避免类似的问题再次发生，公司应该加强内部财务管理和控制，建立健全的制度和流程，确保合规性。此外，公司还应该加强员工的培训和教育，提高他们对税务法规的认识和遵守意识。

6.法律咨询：在处理虚开增值税问题时，公司可能需要咨询专业的法律顾问或会计师，以确保公司的行为合法合规，并尽可能减少法律风险。

需要注意的是，以上建议仅供参考，具体处理方式应根据具体情况和当地法律法规进行决策。建议尽快与相关专业人员和税务机关contact，以获取准确的指导和支持。